Да как оказалось все очень просто. ISPManager 5 Lite, стоит у нас на Centos 6 x86_64
Посмотреть список пакетов:
rpm -qa | grep ispmanager
Удалить пакеты:
yum remove ispmanager-lite-common-5.48.0-1.el6.x86_64
зависимости сами подтянулись, соответственно и удалились.
Далее удаляем каталог:
/usr/local/mgr5
У кого-то может быть другой путь, вроде этого:
/usr/local/ispmgr
Готово!